وفي سنة (1390 هـ - 1971 م) أجريت الانتخابات وفاز فيها (حزب عوامي) برئاسة (مجيب الرحمن) الذي عارض (حزب الشعب) بقيادة (ذو الفقار علي بوتو) وعبر هذا الصراع عن صراع أعنف بين (باكستان الشرقية) و (باكستان الغربية) وفي سنة (1391 هـ 1972 م) أعلنت باكستان الشرقية استقلالها فقامت الحرب الأهلية التي انتهت بإعلان رئيس حزب الشعب ذو الفقار علي بوتو رئيسا لجمهورية باكستان الغربية، بعد انفصال باكستان الشرقية التي تكونت بها دولة (بنغلاديش) .
وفي سنة (1397 هـ) قام انقلاب عسكري بقيادة (الجنرال ضياء الحق) على حكم ذو الفقار علي بوتو الذي أعدم فيما بعد.
وعمل ضياء الحق على تحكيم الشريعة تدريجيا، وقدم خدمات كبيرة للمجاهدين الأفغان، وخضعت باكستان في عهده للنفوذ الأمريكي، ولكن المطالب الأمريكية وتدخلها في شؤون الباكستان والأفغان كانت كبيرة، ولم ينفذها ضياء الحق كليا، فقد كان الرجل تحت تأثير قناعاته القومية وعاطفته الإسلامية. فاغتالته أمريكا وتولت أسرة بوتو (ابنته بنظير بوتو، وابنه مرتضى بوتو) تنفيذ العملية. بإشراف السفارة الأمريكية ثم عاد الحكم إلى حزب الشعب الذي تترأسه (بنظير بوتو) رئيسة وزراء باكستان. ثم خسرت الانتخابات أمام حزب جديد نشأ باسم (الرابطة الإسلامية)