المحضن الهام الآخر لحركة الإخوان المسلمين .. فقد عصفت الانقلابات العسكرية بحكومات الإستقلال الوطنية الديمقراطية التي توالت منذ 1946 م. ومنذ 1954 م توالت الانقلابات التي رعتها المخابرات الأمريكية وتجاربها في سوريا، إلى أن تم تجهيز الأجواء لحزب البعث العربي الاشتراكي ليقوم بانقلابه سنة 1963 م. وكان على أولى أولوياته تصفية الصحوة الإسلامية من الإخوان وغيرهم، ومحاربة الإسلام بكل مكوناته .. وشكلت مصر وسوريا المحضن المبكر لميلاد وتبلور فكر الجهاد ونظريات عمله، وتكررت هذه الصورة في مختلف بلدان العالم العربي والإسلامي. وعملت تلك التحولات السياسية والاجتماعية والثقافية وحملات التغريب والعلمنة التي قامت بها الحكومات المختلفة على طرح مسائل هامة على فكر الصحوة الإسلامية ومنهجها ..
ففي الباكستان وخلال الخمسينيات شكلت كتابات الأستاذ العبقري الفذ أبو الأعلى المودودي رحمه الله مادة أساسية لتبلور فكر الجهاد .. فقد انتقد رحمه الله الحالة البليدة التي تعيشها الأوساط الدينية التقليدية في باكستان .. وطرح عبر كتبه ومقالاته وجريدة حركته التي أسسها باسم (الجماعة الإسلامية في باكستان) كثيرا من أهم المسائل السياسية الشرعية، وعرض واقع المسلمين المعاصر من خلالها .. وكتب عن مقتضيات شهادة التوحيد .. وعن أسس الولاء