واتجه العديد منهم إلى طلب العلم في بلاد الحرمين، في حين يمم آخرون وجههم شطر موريتانيا .. وفعلا، لم يأت الشوط الثاني للأفغان العرب في أفغانستان (1996 - 2000 م) إلا وقد كونت الجماعة الإسلامية المقاتلة بليبيا عددا من خيرة الكوادر العلمية الشرعية التي تأهلت في التيار الجهادي والأفغان العرب ..
كان عدد من كوادر الأفغان العرب الليبيين ممن لم يلتحقوا بالجماعة المقاتلة يعمل في معسكرات تنظيم القاعدة، وقد غادروا إلى السودان متابعين عملهم مع الشيخ أسامة بن لادن في المجالات الزراعية والاقتصادية التي ابتدأها في السودان. ولكن نشاط المقاتلة وغيرها من الإسلاميين و الجهاديين داخل ليبيا ضد نظام القذافي، ولاسيما تحركهم في السودان على مقربة من ليبيا .. أزعج نظام العقيد القذافي ودفعه إلى إبرام معاهدة لتبادل المجرمين! ووضع برنامج لمكافحة العناصر الإسلامية مع نظام البشير (الإسلامي) .. وسرعان ما قلب نظام البشير ظهر المجن لكافة الأفغان العرب. ولكن بداية ذلك كانت بالليبيين .. إذ طلبت الحكومة السودانية من تنظيم (المقاتلة) الرحيل عن السودان! كما طلبت من الشيخ أسامة إخراج من لديه من الليبيين من مجالات عمله نتيجة ضغوط ليبيا عليها واتفاقاتها الجديدة معها .. ولم يكن من ذلك بد .. وأدى ذلك إلى بدء رحيل الليبيين عن السودان. ليعيدوا انتشارهم في