وفي عهد المستنصر بالله انحسر سلطان الفاطميين عن بلاد الشام باستيلاء السلاجقة عليها وزالت دولتهم في جزيرة صقلية باستيلاء النورمان عليها سنة 461 هـ. وعم الوباء الذي يعتبر أطول وباء عرفته مصر في العصور الوسطى، إذ امتد ثماني سنين (446 - 454 هـ) واقترنت هذه الشدة التي اصطلح المؤرخون تسميتها بسنين الشدة العظمى بقيام الحروب الأهلية الداخلية. حتى تدارك الأمر وزيرهم بدر الجمالي، والي عكا وقد استدعاه المستنصر سنة 466 هـ فأعاد النظام ووجه همه إلى إصلاح البلاد، وتزوج المستنصر ابنته وولدت له ابنه (المستعلي) .