ولما توفي المستنصر سنة 487 هـ بعد حكم دام ستين سنة ادعى الخلافة ابنه (نزار) وكان أبوه قد عهد بها إليه، ولكن الأفضل بن بدر الجمالي، الذي خلف أباه في قيادة الجيش، قدم عليه أخاه (المستعلي) وهو ابن أخته، وتم ذلك بقتل (نزار) ، وبقتله افترقت الإسماعيلية إلى فرقتين: فرقة المستعلية، وفرقة النزارية.
وفي عهد المستعلي بدأت الحروب الصليبية على بلاد الشام واحتل الصليبيون بيت المقدس سنة 493 هـ، وقد أعقب المستعلي خلفاء منهم المخلوع ومنهم المقتول إلى أن انقضى عهد الدولة الفاطمية - غير مأسوف عليها - سنة 567 هـ على يد صلاح الدين الأيوبي وقيام الدولة الأيوبية.
وكان الفاطميون من الباطنية الشيعة الغلاة، وقد حكم علماء أهل السنة الأثبات ممن عاصروهم بكفرهم وخروجهم عن الإسلام. وقد طبعت الدولة الفاطمية بالظلم والعنت فوق الكفر. وراسل كبار وزرائهم الصليبيين والروم مرارا واستدعوهم لغزو مصر ووعدوهم العون ضد جيش الشام الذي حمل في ذلك الزمان مهمة جهاد الصليبيين على عاتقه.