وفي عام 465 هـ أقدم باطني إسماعيلي على اغتيال (ألب أرسلان) فخلفه ابنه (ملك شاه) وفي عهده أخذت الدولة السلجوقية في التقلص بعد انقسامها إلى دولة موزعة بين أبناء البيت السلجوقي، فدولة في خراسان ودولة في الشام ودولة في بلاد الروم.
أما دولة السلاجقة في خراسان فقد آلت إلى سنجر بن ألب أرسلان وانتهت بوفاته سنة 552 هـ باستيلاء دولة خوارزم عليها.
وأما دولة السلاجقة في العراق فقد آلت إلى محمد بن ملكشاه ومن بعده إلى ابنه محمود وتوارثها من بعده أبناؤه ثم زالت باستيلاء دولة خوارزم عليها سنة 573 هـ في عهد آخر ملوكها ركن الدين طغرل (الثاني) .