وسبب هذه المحنة أن المأمون كان مشوبًا برأيٍ منطقيٍ معتزلي.
يقول ابن تيمية رحمه الله: إن الله لا يغفل عن المأمون، لما أدخله من علم المنطق على المسلمين.
يقول المأمون الخليفة العباسي ابن هارون الرشيد: إن القرآن مخلوق، وكذب على الله، فالقرآن كلام الله عزوجل، والله يتكلم بما شاء متى شاء، لم يزل متكلمًا سُبحَانَهُ وَتَعَالَى، يقول عز من قائل: {أَلا لَهُ الْخَلْقُ وَالْأَمْرُ} [الأعراف:54] فالأمر هنا: القرآن، فقال هذا الخليفة: إن القرآن مخلوق.
واستخدم السيف ليثبت هذه القضية في الأمة، وقتل ما يقارب ألفًا من من علماء الأمة من زملاء الإمام أحمد، وملأ بهم السجون، فبعضهم أجاب خوفًا من السيف، وبعضهم رفض، وقال: لا أجيب؛ فقتل في الحال، ومنع التدريس في المساجد، ومنعت الخطابة إلا للمعتزلة، وانتشر الشر الكثير، فنصر الله الإسلام بالإمام أحمد بن حنبل.
وقف وحده، وقال: لا والله، القرآن كلام الله، فاستدعي إلى الخليفة.