أخذ لفظ المصطلح كأن يكون ( الإيمان ) أو ( الأمانة ) مثلًا وتم إرجاعهما إلى جذورهما الثلاثية في اللغة العربية فكان الجذر لكل منهما ( أمن ) فأدرج في مادة
( أ م ن ) وهكذا أدرج مصطلحي ( الأنس ) و ( الإنسان ) في مادة ( أ ن س ) لأن جذريهما هو ( أنس ) .
"تم ترتيب المصطلحات ضمن المادة الواحدة كما في تسلسل المثال التالي:"
1.الإيمان: وهو المصطلح الأصلي .
2.نور الإيمان: وهو ملحق بالمصطلح الأصلي .
3.الإيمان الكامل: وهو مصطلح مركب تابع للمصطلح الأصلي .
4.أهل الإيمان الكامل: وهو ملحق بالمصطلح المركب أعلاه .
5.المؤمن: وهو مشتق من المصطلح الأصلي .
6.قلب المؤمن: وهو ملحق بالمصطلح المشتق .
7.المؤمن الحقيقي: وهو مصطلح مركب تابع للمصطلح المشتق .
8.نور المؤمن الحقيقي: وهو ملحق بالمصطلح المركب الأخير .
ويمكن تلخيص الطريقة التي اتبعت في ترتيب المصطلحات بالقاعدتين التاليتين:
القاعدة الأولى: يتم ذكر المصطلح الأصلي وملحقاته ثم توابعه وملحقاتها .
القاعدة الثانية: يلي ذلك ذكر المصطلح المشتق من الأصلي وملحقاته ثم توابعه وملحقات التوابع .
"تم ترتيب المصطلحات ضمن القاعدتين أعلاه على حسب ترتيب الحروف"
( الألف بائي ) باستثناء بعض الحالات التي حصل فيها تقديم أو تأخير مراعاةً لوحدة المصطلح الموضوعية .
اعتمدت الموسوعة على عدد كبير من المصادر والمراجع الصوفية المطبوعة والمخطوطة ، القديمة والمعاصرة ، هذا بالإضافة إلى المصادر اللغوية والحديثية والدينية العامة . ويمكن القول إن الموسوعة إن لم تجمع كل أمهات المصادر الصوفية وفروعها فقد جمعت معظمها بما لم يسبق له مثيل من قبل في كتاب أو موسوعة .