كان حضرة الشيخ محمد الكسنزان قد دخل عدة خلوات في عهد والده ، وكانت أولى خلواته بعد ستة أشهر من توليه أمور الطريقة و المشيخة وكان ذلك في العشرين من شعبان سنة 1398 هـ الموافق 1978 للميلاد ، وقد صحبه عدد من الدراويش و الخلفاء ، حيث جلس كل منهم في خلوته بعد أن تعلموا نظام الخلوة وأورادها وآدابها من أستاذهم إثر محاضرة ألقاها الشيخ قبل الدخول إلى الخلوة بنيَّة خالصة .
ودخل الخلوة الثانية سنة 1399 هـ الموافق 1979 م وصَحِبَه ضعف عدد الدراويش الذين دخلوا معه الخلوة الأولى وطبّق عليهم نظام الخلوة كاملًا وخرج كلّ واحدٍ منهم بنصيبه منها .
إنجازاته العلمية و الصوفية:
في مجال البحث و التأليف و الإصدارات الصوفية ، له العديد من
المؤلفات ، التي طبع منها:
1 -كتاب الأنوار الرحمانية في الطريقة العلية القادرية الكسنزانية .
2 -نشر كتاب: جلاء الخاطر من كلام الشيخ عبد القادر .
3 -كتاب الطريقة العلية القادرية الكسنزانية .
4 -موسوعة الكسنزان فيما اصطلح عليه أهل التصوف و العرفان / وهي
هذه الموسوعة المباركة .
وله عدد آخر من الكتب و الرسائل تحت الطبع منها:
إنجازات علمية أُخرى: