وقد يشارك أفراد هذه المنظمات والجماعات بشكل جماعي أو فردي، في أنواع أخرى من الجهاد كدفع الصائل وجهاد الأعداء الخارجيين كما في أفغانستان والبوسنة و الشيشان وسواها. ولكن أساس نشأتها وأهدافها جعلها بشكل عام منظمات؛ (سرية الحركة) (قطرية الأهداف) (هرمية البناء التنظيمي) . يرتبط أفرادها بقيادة وأمير عبر بيعة على الجهاد والعمل لتحقيق تلك الأهداف.
وهي المنظمات والجماعات التي تخصصت في جهاد الأعداء الصائلين على بلاد المسلمين وخاصة اليهود (كما في فلسطين) ، أو الصليبيين المحتلين كالأمريكان (كما في جزيرة العرب والعراق وغيرها حاليا) أو الغربيين عموما، أو الملحدين كما الروس أو الصين، أو الوثنيين كما في الشيشان والبوسنة والهند وكشمير وجنوب شرق آسيا ... أو أي نوع من الأعداء الخارجيين.
وكثيرا ما تأخذ هذه المنظمات شكل حركات تحرير وطنية، ولكن على أساس إسلامي وجهادي كما أسلفنا، وبهدف تحرير تلك البلاد، ثم إخضاعها للحكم الإسلامي، أو دفاعا عن الدين والأرض والعرض والنفس والمال .. كعبادة وفريضة شرعية.
3.الجماعات والأفراد المجاهدين من أجل تغير المنكر بالسلاح أو لدفع المظالم:
وغالب هذه الظاهرة يقوم على الجهاد الفردي والمبادرات الشخصية، وغالبا ما لا يكون لها جماعات محددة أو أمير، وإنما أفراد أو شراذم صغيرة تقوم بأعمال جهادية مسلحة بنية الاحتساب والأمر بالمعروف والنهي عن المنكر أداء لفريضة عبا دية وبناء على تصورات ودوافع دينية، لإزالة منكر هنا أوهناك، كتدمير مواقع الخمر أو الزنا أو المجون والفساد، أو اغتيالا لرأس من رؤوس الكفر أو الظلم أو العدوان على المسلمين ، أو على دينهم وشعائرهم ومقدساتهم، أو لإزالة أي مظهر من المظاهر التي يعتبرونها منكرة دينيا يجب إزالتها باليد بعد أن استحال ذلك باللسان والقلب ..