وغالب الجهاديين على اعتبارهم ضلالًا من أهل البدع. في حين ذهبت أقلية من الجهاديين إلى عدم إعطاء هذه المسألة أهمية لأسباب سياسية. في حين ذهب بعض الجهاديين إلى التصريح بكفر الشيعة. إلا أن الجمهور من الجهاديين على اعتبارهم مسلمين من أهل القبلة ضلالًا مبتدعة ..
وقد تداخلت المسائل السياسية بالعقدية في هذه المسألة لدى الصحوة الإسلامية السنية عمومًا ومنها الجهادية وليس هنا محل بسط ذلك.
غلب على الجهاديين منذ أواخر الثمانينات المذهب السلفي نتيجة ما أسلفت شرحه. وجمهورهم وسط في مسألة المذهبية يكنون الاحترام لأئمة المذاهب الأربعة وعلمائها. وهم وسط في التقليد فلا يتعصبون لمذهب ، ولا يلتزمون به ، ولا ينتقصون من أقدار الأئمة ولا من القيمة العلمية لتراث المذاهب. وقد أثر التيار السلفي المتطرف في ظهور بعض (غلاة جهلة الجهاديين) من المتأخرين ممن ذهبوا مذهب محاربة التقليد والمذاهب لحد الشطط ولكنهم في الجهاديين قلة.
-مسألة الصوفية:
تأثر جمهور الجهاديين بمنهج ابن تيمية والمدرسة السلفية في محاربة المدارس الصوفية المنحرفة ، واعتبارها من مناهج البدع والضلال ، وتشدد البعض في هذه المسألة ، في حين اعتدلت الأقلية منهم في تناول مدرسة التصوف والمتصوفين.
-الموقف من مدارس الصحوة الإسلامية غير الجهادية:
جمهور القدماء من الجهاديين على احترام مدارس الصحوة وقياداتها والالتزام بأدب الخلاف معهم رغم سعة الهوة في الفكر والتطبيق. و جمهور المتأخرين من الجهاديين على حالة عداء وخصومة وتناحر معهم ، نتيجة حالات القهر والخذلان كما سبق لإشارة لذلك.
-مسألة العلمانية: