قام انقلاب شيوعي سنة (1385هـ) ، لكن وزير الدفاع كلف الجنرال (سوهارتو) بمواجهة الانقلاب الذي أيده أحمد سوكارنو.
وتحت ضغط القوى الوطنية الإسلامية أرغم سوكارنو على التنازل عن الحكم سنة (1386هـ - 1968) وتولى الجنرال سوهارتو رئاسة الجمهورية.
ثم تدهورت أحوال البلاد بسبب فساد سوهارتو وأسرته .. وحصلت اضطرابات كثيرة. وأدت إلى اعتماد الإصلاحات السياسية والانتخابات التي تنازعنها أحزاب علمانية وشخصيات مدنية وعسكرية ، وما تزال هذه أحوالها إلى اليوم. حيث آلت رئاسة الجمهورية في الإنتخابات الأخيرة 2004 إلى جنرال عسكري تعهد في خطاب فوزه بمكافحة الإرهاب بالتعاون مع أمريكا وأستراليا.!!
تعرضت البلاد وما تزال لحركة تنصير قوية منذ مئات السنين ، وقد اشتدت خلال القرن الأخير ، وقد قرأت في بعض التقارير الإحصائية لبعض المؤسسات الإسلامية السعودية سنة 1992أن عدد الذين تنصروا في أند ونسيا يبلغ زهاء 30 مليون نسمة!.
ونظرا لكبر البلاد وتطورها الصناعي وانتشار الصحوة الإسلامية القوية فيها ، تتعرض إندونيسيا لمؤامرات لتقسيمها ، وقد نجحت الدول الأوربية بدعم حركات النصارى الذين نصروهم عبر سنين الإحتلال ثم الإستقلال ، بفصل تيمور الشرقية عن إندونيسيا ، وتشهد جزر الملوك أعمال قتال بين المسلمين والنصارى الذين قاموا بأعمال وحشية ، فأحرقوا البيوت ، وصوروا بعضهم وهم يأكلون لحوم القتلى من المسلمين نيئة ومشوية! وقد انتعشت مؤخرا في إندونيسيا وماليزيا وتايلاند وما جاورها من دول شرق آسيا صحوة إسلامية قوية تحولت للجهاد والمواجهة للمصالح الأمريكية والغربية والأسترالية ، مما جعل تلك البلاد هدفا للحملات الأمريكية المسعورة تحت دعاوى مكافحة الإرهاب. أن الله إخواننا ونصرهم.