تأسست عدة أحزاب إندونيسية بعد الحرب العالمية الأولى مثل (الجمعية المحمدية) وحزب (شركت إسلام) و (الجمعية العائشية) الخاصة بالسيدات، و (حزب جاوة الفتاة) و (جمعية اتحاد علماء المسلمين) وغيرها ومعظمها ذات طابع إسلامي جهادي ، ثم تبلورت هذه الجمعيات والأحزاب في حزبين رئيسين هما (حزب القمصان الخضراء) وحزب (القمصان الحمراء) ، كان الحزب الأول يلجأ إلى أسلوب المفاوضات لتحقيق الاستقلال أما الحزب الآخر فقد اتخذ أسلوب الجهاد المسلح وتحول إلى (حزب شيوعي) وخلال الفترة ما بين الحربين تأسس (حزب إندونيسيا العظمى) و (الحزب الوطني) بزعامة سوكارنو اللذان نجحا في إرغام هولندا على تخفيف سياسة العنف والابتزاز الاقتصادي.
ولما قامت الحرب العالمية الثانية استولت اليابان على إندونيسيا سنة (1361هـ) فاندلعت حركة المقاومة الوطنية برئاسة أحمد سوكارنو ومحمد حتا ، كما تأسس حزب إسلامي يسمى (حزب الله) واشترك الجميع في مواجهة الاحتلال الياباني.
ولما انتهت الحرب أعلنت اليابان استقلال إندونيسيا سنة (1364هـ) وبعد انسحاب اليابان اشتركت إنجلترا وهولندا في حملة على إندونيسيا تمكنت من الاستيلاء على بعض الجهات والمدن الهامة في سومطرة وجاوة، ومع استمرار النضال أرغمتها على الاعتراف باستقلال إندونيسيا وفق اتفاقية عقدت سنة (1366هـ) لكن هولندا لجأت مرة أخرى إلى غزو البلاد سنة (1368هـ) وألغت اتفاقية سنة (1366هـ) ، ونتيجة للضغط الدولي جرى عقد مؤتمر لاهاي سنة (1369هـ) الذي أسفرت عن إنهاء الاستعمار الهولندي.
ثم حدث صراع بين الأحزاب ذات الميول الشيوعية والأخرى الإسلامية وأسفر الصراع عن انقسام إندونيسيا إلى حكومتين إحداهما سوفيتية ومركزها (ماديون) والأخرى وطنية ومركزها (جاكرتا) ، ثم اتحدت الدولتان سنة (1369هـ) تحت اسم (جمهورية إندونيسيا) برئاسة أحمد سوكارنو.