كافة الجهاديين على تكفير المذاهب العلمانية واعتبارها من مذاهب الإلحاد كما هو حال معظم قيادات وعلماء و جماعات الصحوة الإسلامية ، قبل الموجة الأمريكية الأخيرة وموضة الاعتدال المصطنع. ولكن جمهور الجهاديين على اعتبار أتباع الفكر العلماني من عامة المسلمين معذورين بجهلهم في حين يكفرون قيادات التيارات العلمانية في العالم العربي الإسلامي ويعتبرونهم من أئمة الكفر الطاعنين في دين الله ..
كافة الجهاديين على اعتبار دعوى القومية والتعصب لها، من دعاوى الجاهلية ، و الجهاديون أمميون ، يدعون إلى وحدة المسلمين ونظامهم الشامل. وبالتالي يذهب الكثير منهم إلى رفض مناهج الأحزاب القومية ، لاسيما وأن كلها أو جلها يضم فكرة العلمانية إلى القومية. ويعتبر الجهاديون الدعوات القومية من أسباب تمزيق الأمة.
-مسألة الوطنية:
كما في مسألة القومية ينبذ الجهاديون فكرة القطرية والوطنية والعمل في إطار التعصب للوطن ولاسيما أنها مزجت بالقومية والعلمانية ، ولذلك فهم يعادون دعاتها ويعتبرونها من مذاهب الكفر والضلال.
وفي النقطتين السابقين شيء من التناقض في واقع الجهاديين إذ أن غالب تنظيماتهم عملت على أساس قطري محلي و أتسمت في بعض الأحيان بالغلو في ذلك. رغم أن الفكر لديهم يقوم على أممية الإسلام ودعوة الجهاد.
-القضية الفلسطينية: