** الجماعة المجاهدة: ما هي؟ وما هو تعريفها؟ ما طبيعة علاقتها مع ما حولها من الجماعات؟ وما مشروعية تعدد تلك الجماعات المجاهدة وغير المجاهدة؟ وما نسبة صلاحياتها وفحواها إلى جماعة المسلمين العامة؟ وما مسوغات و شرعية وجودها؟
**الإمارة والشورى والقرارات: ما حدود صلاحيات الأمير في علاقاته مع من حوله من القواعد والقيادات ومؤسسات الجماعة؟ وبالتالي طريقة اتخاذ القرار في الجماعة؟ والشورى وطبيعتها و إلزاميتها؟ و هل هي إمارة خاصة أم عامة؟.
**البيعة والسمع والطاعة: ما هي طبيعة هذه البيعة؟ وما فحوى عقدها؟ وبالتالي الحقوق والواجبات المتبادلة بين الأمير والفرد أو بين الفرد والجماعة؟ وكيف تنحل؟ وبناءً على ماذا؟
وما ذا يترتب على نقضها؟ ومتى يكون مشروعًا ومتى يحرم؟ إلى آخر تلك المسائل .. التي لم يتم تحديدها في التيار الجهادي بدقة واختلفت من تنظيم لآخر. وفي حين اعتبر أكثير الجهاديين في مناهجهم أن جماعتهم هي جماعة من جماعات المسلمين ، وأنها إمارة جهاد. وأن البيعة محدودة بتلك الواجبات. إلا أن واقع الحال جعل بعض تلك الجماعات يتصرف عمليًا كأنها جماعة المسلمين في قطرها. وصرح بعض أكابر التيار الجهادي بأن جماعتهم هي الجماعة الشرعية الوحيدة في البلد الفلاني ، وبالتالي قاوموا بشتى السبل ميلاد جماعات أخرى ، أو استمرار وجود سابقات عليها. بل ذهب البعض إلى السعي باستخلاص فتاوى تبيح للجماعة المجاهدة توحيد صف الجهاد بالقوة والعنف لتصفية وجود جماعات أخرى! ووجد بعض الشواذ الذين يفتون بذلك ضمن ما لحق بالتيار الجهادي من بعض طلاب العلم ممن تصدروا للفتوى في التيار الجهادي نتيجة غيبة العلماء عنه. كما اتخذت بعض الجماعات سجونًا وعقوبات ومحاكم تنظيمية دونما تحديد لتلك الحدود والصلاحيات. فقد ولدت إشكالات واقعية في التنظيمات. وقد أضافت السرية والأوضاع الأمنية وضعًا شاذًا عقد من تلك المسائل.