ولكن من الأهمية بمكان ، أن نذكر أن المدرسة الفكرية لتنظيم الجهاد تبقى الأبرز والأهم والأرسخ في هذا القرن الأخير .. فقد بدأت بمكتبة سيد قطب رحمه الله .. والتي تضم أساسيات الفكر الجهادي المعاصر .. ثم كان لتنظيم الجهاد في مرحلة الجهاد الأفغاني أثناء نشاطه في بيشاور إنتاج أدبي ثر و مهم ، كان من أهمه .. كتاب (العمدة في إعداد العدة) .. للشيخ عبد القادر بن عبد العزيز .. وكتابه القيم الآخر (الجامع في طلب العلم الشريف) . والذي أخرج التنظيم نسخة معدلة منه باسم (الهادي إلى سبيل الرشاد) ، وكذلك سلسلة من النشرات الهامة التي أصدرها تباعا في بيشاور خلال الفترة (1988 - 1992) . بالإضافة لعدد من التسجيلات الصوتية والمرئية للدكتور أيمن الظواهري - حفظه الله - ولا تأتي أهمية الدور الفكري والمنهجي لتنظيم الجهاد المصري من أهمية مكتبته فقط وإنما من كونها صارت أساسا فكريا ومنهجيا لأغلبية التنظيمات والتجمعات ومعظم الأفراد في التيار الجهادي منذ مطلع التسعينات وإلى اليوم. وصار عليها مدار كافة ما كتب فيما بعد من الإنتاج الفكري و الإعلامي لمختلف شرائح التيار الجهادي والأفغان العرب .. وكذلك لما عرف باسم (السلفية الجهادية) أو غيرها من المدارس الجهادية في العصر الحديث. فجزاهم الله كل خير وتقبل منهم بفضله وكرمه. . كما كان للكوادر العسكرية الأولى لتنظيم الجهاد المصري في ساحة الجهاد الأفغاني ومجموعة الكوادر العسكرية والمدربين الأفذاذ الذي عملوا في ساحة الجهاد العربي في أفغانستان في شوطه الأول (1986 - 1992) والثاني (1996 - 2001) . دور ترك بصماته الهامة ضمن مجموع الجهود العسكرية والميدانية لكوادر الجهاد العربي في أفغانستان. سواء من خلال ما تركوه من تراث مكتوب في مجلات الإعداد العسكري والحركي.