-لم تمهل أحداث سبتمبر كلا الجناحين كي يمضي بعيدا في برامجه وطموحاته. وسرعان ما اجتمع كل من تبقى من الأفغان العرب في معركة المصير والدفاع عن النفس وعن الإمارة التي كان القدر قد رسم ظروف سقوطها .. واستشهد معظم من تبقى من الكوادر في تلك المعارك وتحرك الدكتور أيمن الظواهري بعد أن بذل وسعه واستشهدت زوجته وابنه الوحيد محمد وطفلته الرضيعة رحمهم الله .. خلال هجمات القصف الوحشي التي قام بها الطيران الأمريكي .. واستقر مع الشيخ أسامة في مخبئهم المتنقل - حفظهم الله - ليتابعوا مسار الجهاد والتحريض كما هو مشهود .. وسارت كوكبة أخرى مع الأستاذ (ثروت شحاته) على دروب الهجرة والتشريد مرة أخرى لتستقر في سجون إيران كما أعلنت ذلك وسائل الإعلام.
-وكانت هذه خلاصة المسار الحركي لتنظيم الجهاد الذي تابعة الدكتور أيمن في خارج مصر. ولا أدري إن كان ثمة براعم له لعل الله يكتب له النمو واستئناف المسار والمد في مصر مع السائرين ..
-أما عن الهوية الفكرية لتنظيم الجهاد المصري. فمن خلال العرض السابق ، ربما يمكن القول بأن التنظيم قد انتهى حركيا. ولد أواسط الستينات وانتهى في أخدود سبتمبر (2001) .