-افتتح التنظيم معسكرا خاصا به .. واستقطب من تبقى من كوادره وحاول الاستئناف .. ولكن الظروف والمعطيات عامة ولاسيما الأمنية منها ، حيث عصفت الاعتقالات بالتنظيم في الخارج .. جعلت الشيخ الدكتور أيمن الظواهري يقتنع بالاتجاه المتاح للجهاد والعمل في أفغانستان مع الشيخ أسامة بن لادن في حربه مع أمريكا لأسباب واقعية لقناعات سياسية و ميدانية بدأت تتشكل عنده .. وقد تابعت هذا التحول معه بنفسي وتحدثت معه عن ملابساته طويلا قبيل أحداث سبتمبر بقليل .. وربما أعرض لشيء من تفاصيل ذلك في الكتاب الذي سأفرده لتاريخ الأفغان العرب في مرحلة طالبان إن شاء الله وليس هنا مكان هذه التفاصيل ..
-أعلن الدكتور أيمن بيعته للشيخ أسامة بن لادن وضم تنظيم الجهاد لتنظيم القاعدة أواسط سنة (2001) رسميا .. مما أدى لانشقاق الحفنة من الرجال الذين تبقوا معه من الكوادر في أفغانستان إلى فريقين .. فريق وافقه على هذا التوجه .. وفريق أصر على متابعة الجهد في برامج العمل لإقامة حكومة إسلامية في مصر على أنقاض حكومة حسني مبارك عن طريق الجهاد بالأسلوب القديم .. واعتبروا حلَّه للتنظيم غير مشروع وأن مهمة الأمير إدارة التنظيم وليس حله وإلحاقه بتنظيم آخر .. وقاد هذا الفريق الأخ أبو السمح (ثروت صلاح شحاتة) . وهو محامي من الكوادر القديمة في التنظيم ومن قدماء الأفغان العرب أيضا ..