-لحق الدكتور أيمن ومن تبقى من كوادره .. بالشيخ أسامة بأفغانستان في ظل طالبان بعد عدة رحلات من التشريد في عدد من البلدان خلال (1996 - 1998) .. وآثر عدد آخر ممن تبقى من الكوادر والخلايا الانتظار في دول الشتات المختلفة ..
-عاود تنظيم الجهاد وتنظيم القاعدة تجربة التعاون والبناء في مجالات التمويل والتدريب. ولكن الشيخ أسامة كان قد توصل إلى قناعة راسخة بتوحيد الإتجاه في مجال مواجهة أمريكا ، فيما بقي تنظيم الجهاد كغيره من التنظيمات على (تطلعاته القطرية وأسلوب السري ومنهجه الفكري الجهادي) ..
-وقع الدكتور أيمن على بيان الشيخ أسامة بإعلان (الجبهة العالمية لتحرير المقدسات) ، أواخر سنة (1997) فيما نأت الجماعة الإسلامية بنفسها بعيدا عن ذلك. وسرعان ما بدأ تنظيم الجهاد يدفع ثمن ذلك التوقيع في مواجهات الحملات الأمنية الأمريكية العالمية على الإرهاب .. وبدأت تتساقط كوادره وعناصره المتناثرة في مختلف دول العالم .. واختطف العديد منهم من دول مختلفة وسلموا إلى مصر .. من تايلاند .. إلى ألبانيا .. إلى أذربيجان .. إلى الإمارات العربية .. غيرها. فيما أعتقل بعض أعضائهم في دول أخرى لم تسلمهم وأودعوا السجون فيها كما في بريطانيا ..
-استمر الدكتور أيمن بعزيمته الفريدة ، وصبره الدؤوب مع من تبقى من كوادر بمتابعة المحاولة ولم يستلم للأمر الواقع الذي فرضه النظام العالمي الجديد، والذي جعل المحاولات الجهادية القطرية السرية الهرمية .. خارج التاريخ عمليا ..