وقد تأسس بها عدة دول إسلامية في العصر العباسي منها الدولة السامانية و الطاهرية و الصفارية. كما قامت الدولة الغزنوية بهذا الإقليم ونجحت في نشر الإسلام في كثير من أقاليم بلاد الهند.
ثم تعرضت أفغانستان للغزو المغولي ، ووقعت تحت حكم"التيموريين"وقد شهدت في عهدهم ازدهارا حضاريا وعمرانيا وفكريا. ثم اجتاحتها الدولة الصفوية ، لكن أحد القادة الأفغان وهو"أحمد خان"استطاع أن ينفصل عنها ويؤسس حكما مستقلا سنة (1153هـ) . وقد عرفت هذه الدولة لأول مرة في التاريخ باسم"الدولة الأفغانية"التي كانت"قندهار"عاصمة لها.
وفي عهد ابنه"تيمور شاه"نقلت العاصمة إلى"كابول"وامتد نفوذ دولته إلى الهند بعد الانتصار على"المهراتا"في معركة"باني بت".
بوفاة تيمور شاه ضعفت الدولة الأفغانية ، ونجح السيخ في الهند في انتزاع الكثير من ولاياتها الهندية.
وفي عهد"زمان شاه"الذي خلف والده تيمور شاه سنة (1207هـ) شب الصراع بين أفراد الأسرة الحاكمة ، وحاول استرداد أمجاد دولته بعد أن صفا الجو له ، فاصطدم بالإنجليز في الهند لذلك تآمروا عليه وأيدوا أخاه محمود شاه الذي تولى الحكم بدلا منه. وفي عهده شب الصراع بين أفراد الأسرة الحاكم حتى ظفر"دوست محمد"بالحكم ولقب نفسه بلقب"أمير كابول"دون أن يلقب بالشاه أو الملك لا هو ولا أحد من خلفائه.
ثم تنافست بريطانيا وروسيا للاستيلاء على أفغانستان ونجحت بريطانيا في احتلالها سنة (1255هـ) . لكن عودة"دوست محمد"إلى الحكم أتاحت له طرد الإنجليز سنة (1257هـ) وأرغمهم على الاعتراف بسيادته على بلاده.
وفي سنة (1280هـ) توفي دوست محمد وخلفه ابنه"شير علي"وفي عهده حاولت بريطانيا بسط نفوذها على بلاد الأفغان"فاستعان بالروس ، وقامت الحرب الأفغانية الثانية سنة (1295هـ) بين شير علي وبريطانيا التي انتهت بهزيمته ووقوع بلاده فريسة الاحتلال البريطاني."