ثم نجح الشيوعيون في إحداث انقلاب عسكري جديد سنة (1398هـ / 1980م) بزعامة"محمد نور تراقي". فقتل آلاف الناس خلال أيام! وأعدم 29 ولدا من أبناء داوود أمام عينيه ، ثم ختم به وأعدمه رميا بالرصاص!!! فذاق داوود ما أذاق الناس من القهر والقتل! ثم نهج تراقي نهج الشيوعية الحمراء.
فاندلعت المقاومة وحركات الجهاد التي اتخذت طابع الجهاد الإسلامي ضد الحكومة الشيوعية ، وتدخل الاتحاد السوفييتي والولايات المتحدة في"المسألة الأفغانية"، فقام السوفيت بإعداد انقلاب آخر بزعامة"بابراك كارمل"المؤزر بالقوات السوفييتية التي تدخلت مباشرة في عملية غزو مكشوفة سنة 1979 م.
وانطلقت أحزاب المجاهدين تواجه روسيا وتلقت دعما إسلاميا وعالميا. مما أدى لهزيمة الروس هزيمة منكرة فانسحب الروس سنة 1989. وكانت هزيمتهم في أفغانستان إيذانا بانهيار الإتحاد السوفييتي وتفككه وتفكك حلف وارسو العالمي.
ثم تمكن المجاهدون من إسقاط الحكم الشيوعي خصوصا بعد انهيار الإتحاد السوفييتي سنة 1990 وسقوط الشيوعية العالمية وزوالها.
لكن فتنة الصراع بين الفصائل المختلفة من المجاهدين أوقع البلاد في حروب أهلية مابين (1992 - 1996) ، بتدبير من أمريكا وبعض الدول الأوربية ، والإسلامية وعلى رأسها باكستان والسعودية. وراح ضحية هذه الحرب زهاء 40 ألف مسلم فيهم خيرة المجاهدين.
ثم ولدت حركة طالبان في قندهار أواخر سنة 1993. بزعامة الملا محمد عمر ، وتمكنت من إقامة إمارة إسلامية أعلنت الحكم بالشريعة الإسلامية بعد دخولها كابل سنة 1996. وصارت أفغانستان ملجأ للحركات الجهادية العربية والإسلامية. ودخل طالبان في صراع مرير مع تحالف أحزاب الشمال من الأوزبك و الفرسوان و الهزارة الشيعة ، وتدخلت القوى الدولية والإقليمية مرة أخرى ..