-وصل الدكتور أيمن مع كوكبة من كوادر تنظيم الجهاد من مصر إلى بيشاور سنة (1986) وما تلاها، وذلك بعد أن كان قد سجن لثلاث سنوات على ذمة قضية تنظيم الجهاد ودوره في قتل السادات، وكان لهم حضور ونشاط بارز وسط الأفغان العرب خلال مرحلة (1986 - 1991) .
-حصل تعاون على أكثر من صعيد بينهم وبين (الشيخ أسامة بن لادن) الذي كان يعتزم إنشاء تنظيمه الخاص الذي عرف باسم القاعدة آنذاك والذي تأسس رسميا مطلع (1988) وقام على جهد عدد من الكوادر والمدربين كان من أبرزهم كوادر تنظيم الجهاد. وكان من أبرز أولئك الشهيد (أبو عبيدة البنجشيري) رحمه الله الذي توفي أثناء إدارته لعمل القاعدة في كينيا إبان إقامتها في السودان (1992 - 1996) في حادث غرق سفينة في بحيرة (فكتوريا) . وكذلك الشهيد (أبو حفص المصري- محمد عاطف) الذي استشهد في معارك سقوط الإمارة نوفمبر (2001) في قصف أمريكي لمقر إدارته في قندهار وكان المسؤول العسكري للقاعدة. وقد استفاد تنظيم الجهاد من هذا التعاون الذي وفر له إمدادا ماديا مهما مكنه من إنشاء معسكراته المستقلة في أفغانستان وإدارة الحركة ومتابعة نشاطه في مصر ...
-كان خلاصة البرنامج الاستراتيجي لتنظيم الجهاد المصري هو الاعتماد على إحداث انقلاب عسكري يقوم به ضباط أعضاء في التنظيم كان قد زرعهم في الجيش المصري منذ أيام أنور السادات. واستمرت خلاياه إلى أن قضي عليها مع حملات الاعتقالات الكثيفة التي تعرض لها التنظيم فيما بعد .. وكانت فكرتهم العامة كما فهمتها مشافهة من الدكتور أيمن في أكثر من جلسة خاصة؛ هي إحداث إنقلاب تدعمه خلايا عصابات كان يجري إعدادها خلال تلك الفترة ...