-بعد مقتل السادات وبسبب تداخل العلاقات بين أعضاء تنظيم الجماعة الإسلامية الذين نفذوا العملية و أعضاء من تنظيم جماعة الجهاد الذي كان لهم مشاركة فيها .. اعتقل عدد من كوادر تنظيم الجهاد العسكريين من أبرزهم الشهيد الرائد (عصام القمري) رحمه الله .. ولكن تلك الضربة الأمنية لم تأثر على سير عملهم السري .. في خلايا الجيش ولا خلايا العمل السري المدني ..
-بعد سياسة التصفية التي اتبعتها وزارة الداخلية المصرية .. ولاسيما في عهد وزيرها المجرم (زكي بدر) ، ضد تنظيم الجماعة الإسلامية شبه العلني الذي كان قد اعتمد إستراتجية الدعوة المفتوحة و الثورة الشعبية متأثرا بأسلوب الثورة الإيرانية ، قرر تنظيم الجماعة الإسلامية الرد على استفزازات الدولة وسياسة (الضرب في سويداء القلب) كما عبر عنها (زكي بدر) .. عن طريق اغتيالات رؤوس النظام مقابل اغتيالات الدولة لرؤوس الجماعة .. وقرر تنظيم الجهاد الذي تشترك قيادته مع قيادة الجماعة الإسلامية بالتواجد في بيشاور (باكستان) والولايات الحدودية في أفغانستان في تلك الفترة من الجهاد الأفغاني .. قرر المساهمة في المواجهة نصرة لهم متجاوزا البرنامج السري في الإعداد والتخطيط لانقلاب عسكري ، ظنا منهم أن من الممكن أن يسير هذا البرنامج التكتيكي إلى جانب ذلك البرنامج استراتيجي ..
-أدى اعتقال أحد العناصر المدنية من تنظيم الجهاد السري إلى اعتقال أحد الضباط من أعضاء التنظيم العسكري ، وجر هذا الاعتقال تدريجيا إلى معظم الكوادر العسكرية للتنظيم. وبدأ الانهيار في تنظيم الداخل (في مصر) .. وذلك فيما أذكر أواخر (1989) أو أوائل (1990) ..