ومن المواقف التاريخية المشرفة للإمام المراغي رفضه الاستجابة لطلب الملك فاروق ملك مصر، والخاص بإصدار فتوى تحرم زواج الأميرة فريدة طليقته من أي شخص آخر بعد طلاقها، فرفض الشيخ المراغي الاستجابة لطلب الملك فاروق، فأرسل الملك فاروق بعض حاشيته لكي يلحوا عليه لإصدار هذه الفتوى، فرفض الشيخ المراغي، ولما اشتد عليه المرض دخل مستشفي المواساة بالإسكندرية، وهناك زاره الملك فاروق للاطمئنان عليه من ناحية، وللإلحاح عليه مرة أخري لإصدار الفتوى الخاصة بتحريم زواج الملكة فريدة، فصاح الإمام المراغي برغم ما كان يعانيه من شدة الألم بسبب المرض قائلا:"أما الطلاق فلا أرضاه، وأما التحريم بالزواج فلا أملكه، إن المراغي لا يستطيع أن يحرم ما أحل الله".
ولم يكن المرض ليمنع الإمام المراغي من أداء واجبه في خدمة الأزهر ليكون قلعة ومنارة للإسلام. ففي إحدى السنوات اشتد عليه المرض، وكانت فترة الامتحانات بالأزهر قد بدأت، فأصر الإمام المراغي على الذهاب يوميا لمكتبه في الأزهر، حيث كانت تطبع أوراق الامتحانات، وبرر ذلك بقوله:"إنني أتقبل تعرض صحتي للخطر وهو أمر أهون على من أن تتعرض سمعة الأزهر للخطر".
مؤلفاته
أثرى الشيخ المراغي المكتبة الإسلامية بالكثير من المؤلفات والتراجم، والتي اشتملت على برامجه الإصلاحية، وخاصة إصلاح الأزهر وقوانين الأسرة، بالإضافة لمؤلفاته ودروسه في تفسير القرآن الكريم، وبعض القضايا الفقهية واللغوية ومن أهم هذه المؤلفات.
(1) الأولياء والمحجورون: وهو بحث فقهي لا يزال مخطوطا بمكتبة الأزهر، تناول فيه الشيخ المراغي الحجر على السفهاء، وقد نال الشيخ المراغي بهذا البحث عضوية هيئة كبار العلماء.
(2) تفسير جزء تبارك: وقد قصر الشيخ المراغي من هذا التفسير أن يكون مكملاً وتكملة لتفسير جزء عم للإمام محمد عبده.
(3) بحث في وجوب ترجمة القرآن الكريم.