لقد سار السيد رحمه الله في هذا التفسير الفريد على الشكل التالي:
-التعريف بالسورة وما اشتملت عليه من موضوعات بشكل دقيق جدا،وهذا في كل سور القرآن،وقد يطول هذا التعريف كما في سورة البقرة وآل عمران والنساء والمائدة والأنعام والأعراف والأنفال والتوبة .. أو يقصر كما في السور القصيرة،وذلك حسب الموضوعات .
-الكلام عن مكية السورة أو مدنيتها بشكل واضح،وقد رجح العديد من السور المختلف في مكيتها أو مدينتها من خلال سياق السورة وموضوعاتها .
-قسمه لثلاثين جزءا حسب تقسيمه المعروف وقد تكلم عن موضوعات كل جزء في بداية الجزء بشكل مختصر .
-ذكر أسباب النزول،فقد ذكر أسباب نزول السور أو الآيات بشكل واضح ودقيق،وقد يرجح سببا على آخر إذا تعددت الأسباب ...
-تقسيم السورة إلى وحدات موضوعية،فقد قسم السورة ولاسيما السور الطوال ومتوسطة الطول إلى وحدات موضوعية بدءا من الوحدة الأولى حتى الوحدة الأخيرة،ووضع لكل وحدة عنوانا مناسبا لها بشكل دقيق وعميق .
-الكلام عن الوحدة بشكل موجز في الغالب يبين مغزاها،ويحدد الموضوعات الجزئية التي اشتملت عليها الوحدة،وقد يستفيض في ذلك أحيانا .
-قسم كل وحدة إلى دروس متعددة حسب طول الوحدة وموضوعاتها،ووضع لكل درس عنوانا خاصا به يعبر عن موضوع الآيات أو الآية،وقد يعمل تهميدا لبعض الدروس،ثم يشرع في تفسير الدروس درسا درسا وآية آية،وقد يطول هذا الشرح أو يقصر حسب موضوع الدرس
-قد يعقب على بعض الوحدات،أو بعض الدروس بكلام نفيس،مثل التعقيب على آية لا إكراه في الدين قد تبين الرشد من الغي،والتعقيب على قصة النبي نوح عليه السلام،والتعقيب على قصة النبي هود عليه السلام،والتعقيب على قصة النبي يوسف عليه السلام
-وقد يعقب على بعض السور،كما في سورة الرعد ...
-وقد يعقب على سور كثيرة في مكان واحد كما في تعقيبه النفيس على سورة المطففين ..
-ربط بين القرآن الكريم والعلم الحديث بشكل واضح وجلي في العديد من الأمكنة
-ركز على حكمة التشريع في معظم الأمكنة التي تتطلب ذلك كما في كلامه عن الحكمة من تعدد الزوجات في الإسلام ....