إن تحقيق وتخريج أحاديث الظلال والتعليق عليه،ليس بالأمر الهيِّن،بل لا يخلو من صعوبات عديدة
وطريقة عملي في تحقيق تفسير الظلال وفق النقاط التالية:
1.تصحيح كثير من الأخطاء المطبعية الموجودة بنسخ النت
2.تبديل جل النصوص الحديثية التي وردت في التفسير لكثرة الأخطاء بها،حيث نقلتها من مصدرها الأساسي،وحكمت عليها بما يناسبها صحة وضعفًا دون تشدد ولا تساهل،وقد وقع السقفاف حفظه الله بأوهام عديدة في التخريج وزدت كثيرا على تخريجه
3.جميع الأحاديث التي ذكرها بالمعنى أو أسباب النزول ذكرتها بنصها في الأصل،وتخريجها في الهامش
4.زدت كثير من الروايات المتعلقة بالموضوع،والذي زدته في الأصل ما ذكره مختصرًا،فأتيت به كاملا لزيادة الفائدة،اقتصر في العديد من الموضوعات على بعض الأحاديث وترك أحاديث أخرى هامة فزدتها في الأصل ونبهت على أكثرها
5.أشار إلى العديد من الروايات إشارة،فذكرتها في الهامش بلفظها مع الحكم عليها
6.ذكرت الكثير من الروايات التي تؤيد تفسيره ولكن في الهامش
7.ذكرت فضائل السور والآيات التي لم يذكرها في الهامش
8.رددت على الأخطاء التي وقع بها في الهامش بشكل مفصل،مثل حديث السحر والميزان،ويأجوج ومأجوج،ونحو ذلك كالرق مثلا
9.ذكرت شرح مفردات الأحاديث الغريبة في الهامش مع تخريج الحديث
10.فصلت في بعض الموضوعات التي أجملها أو أوجزها،مثل الرد على شبهة وحدة الوجود ....
11.دمجت تعليقاتي مع تعليقات السيد رحمه الله ولكني ذكرت في نهاية تعليقاته ( السيد رحمه الله ) للتمييز بينهما،وقد علقت بعض على الهوامش بعد ذكر كلام السيد رحمه الله
12.قمت بفهرسته على الورد بشكل دقيق .
13.قمت بفهرسته على الشاملة 3 بشكل يدوي ودقيق،وليس بشكل أوتوماتيكي،فهذا لا يصلح للفهرسة،بحيث إذا نظرت في فهرس الظلال تجد جميع الموضوعات فيه مقسمة لوحدات ودروس .