ومن أبرز العقبات الإدارية التي واجهها المشروع:
عد الجدية لدى بعض الباحثين، فربما حجز موضوعا للكتابة فيه، فإذا انتهت مدة الكتابة طلب تمديد المدة، فإذا انتهى التمديد اعتذر عن المشاركة.
عدم التزام كثير من الباحثين بالمواعيد المتفق عليها، مما ساهم في تأخر المشروع.
صعوبة المتابعة الإدارية للباحثين والمحكمين، مع كثرة أعدادهم، واختلاف بلدانهم.
اختلاف أساليب الباحثين، وتنوع طرائقهم في الكتابة، نظرا لاختلاف بلدانهم، وأعمارهم، ومدارسهم العلمية.
عدم التزام كثير من الباحثين بالضوابط العلمية التي أرسلت لهم.
التباين والاختلاف في المعالجة خاصة في المبحث الأول (مبحث التعريفات) ، مما اضطرنا إلى إعادة صياغته بصورة موحدة.
اختلاف أساليب الباحثين في العزو والتوثيق اختلافا كبيرا، مما اضطرنا إلى إعادة صياغة العزو التخريج في جميع الموسوعة وتوحيدها، مع توحيد اسم الكتاب واسم المؤلف قدر المستطاع، وقد أخذنا منا هذا العمل وقتا طويلا.
الخروج عن البحث في الموضوع القرآني، إلى البحث في المصطلح القرآني.
وخلال سنوات العمل استقبلنا ما يزيد عن (430) بحثا، رددنا منها حوالي (70) بحثا؛ لأسباب مختلفة، منها:
الإخلال بالأمانة العلمية؛ كأن يكون البحث تلخيصا لرسالة علمية، أو ينقل من بحث ما صفحات دون عزو أو توثيق، ونحو ذلك مما له مساس بالأمانة العلمية.
غلبة الطابع الخطابي والإنشائي في بعض البحوث، وبعده عن الأسلوب العلمي في المعالجة الموضوعية.
اختلاف صياغة البحث وطريقة معالجته عن باقي أبحاث الموسوعة، مما جعلنا نعتذر عن قبوله. وغير ذلك من الأسباب.
ومما تجدر الإشارة إليه: أن اللجنة العلمية قبلت في بعض الموضوعات أكثر من بحث،
ثم حصل بينها مفاضلة، واختير أحسنها دراسة، وأقربها لمنهج العمل في الموسوعة.