وادعوا عليه الرفض ثم ادعوا عليه الإلحاد وكان علي بن عيسى يقول والله لو سئل هؤلاء عن معنى الرفض والإلحاد ما عرفوه ولا فهموه هكذا ذكره ابن مسكويه صاحب تجارب الأمم وحاشى ذلك الإمام عن مثل هذه الأشياء وأما ما ذكره من تعصب العامة فليس الأمر كذلك وإنما بعض الحنابلة تعصبوا عليه ووقعوا فيه فتبعهم غيرهم ولذلك سبب وهو أن الطبري جمع كتابا ذكر فيه اختلاف الفقهاء لم يصنف مثله ولم يذكر فيه أحمد بن حنبل فقبل له في ذلك فقال لم يكن فقهيا وإنما كان محدثا فأشتد ذلك على الحنابلة وكانوا لا يحصون كثرة ببغداد فشغبوا عليه وقالوا ما أرادوا
( حسدوا الفتى اذ لم ينالوا سعيه ... فالناس أعداء له وخصوم )
( كضرائر الحسناء قلن لوجهها ... حسدا وبغضا انه لدميم )
وقد ذكرت شيئا من كلام الأئمة في ابي جعفر يعلم منه محله في العلم والثقة وحسن الاعتقاد
فمن من ذلك ما قاله الإمام أبو بكر الخطيب بعد أن ذكر من روى الطبري عنه ومن روى عن الطبري فقال وكان أحد أئمة العلماء يحكم بقوله ويرجع إلى رأيه لمعرفته وفضله وكان قد جمع من العلوم ما لم يشاركه فيه أحد من أهل عصره فكان حافظا لكتاب الله عارفا بالقراآت بصيرا بالمعاني فقيها في أحكام القرآن عالما بالسنن وطرقها صحيحها وسقيمها ناسخها ومنسوخها عارفا بأقاويل الصحابة والتابعين ومن بعدهم في الأحكام ومسائل الحلال والحرام خييرا بأيام الناس وأخبارهم
وله الكتاب المشهور في تاريخ الأمم والملوك والكتاب الذي في التفسير لم يصنف مثله
وله في اصول الفقه وفروعه كتب كثيرة واخبار من اقاويل الفقهاء وتفرد بمسائل حفظت عنه وقال أبو أحمد الحسين بن علي بن محمد الرازي أول ما سألني الإمام أبو بكر بن خزيمة قال لي كتبت عن محمد بن جرير الطبري قلت لا قال لم قلت لا يظهر وكانت الحنابله تمنع من الدخول عليه فقال بئسما فعلت ليتك لم تكتب عن كل من كتبت عنه وسمعت عن أبي جعفر وقال حسينك واسمه الحسين بن علي التميمي عن ابن خزيمة نحو ما تقدم وقال ابن خزيمة حين طالع كتاب التفسير للطبري ما أعلم على أديم الأرض أعلم من أبي جعفر ولقد ظلمته الحنابلة وقال ابو محمد عبد الله بن أحمد الفرغاني بعد أن ذكر تصافينه