لكن هذا التعاون أمر حساس للغاية من الناحية السياسية بالنسبة للطرفين. فحكومة البشير تواجه معارضة داخلية تتضمن منتقدين من داخل النظام نفسه لتعاونها مع الولايات المتحدة . وردا على ضجة ثارت في السودان تتعلق بشائعات تقول إن الحكومة السودانية تعاونت مع الإدارة الأمريكية في أواخر 2001، أقسم البشير في مؤتمر صحفي بالخرطوم أول إبريل 2005 أنه لن يسلم أي مطلوب سوداني من قبل المحكمة الجنائية الدولية للمحاكمة خارج السودان بتهمة ارتكاب جرائم في دارفور.
كما أن مسئولين أمريكيين أقروا أن مثل هذه العلاقة مع السودان يمكن أن يكون لها مردود سياسي سيئ في الولايات المتحدة. فحكومة السودان متهمة بارتكاب انتهاكات حقوق إنسان على نطاق واسع، والإدارة الأمريكية في صدارة منتقديها.