وفجّر القرار الصراع على السلطة بين الرجلين، وداخل المؤتمر الوطني. وبدأ العد العكسي للتحالف بين قطبي السلطة في السودان. ووافق الترابي في 23 يناير 2000 على مقترحات المصالحة والتعايش مع البشير، مكتفيًا بمهام تنظيمية داخل الحزب، بعيدًا عن مقاليد الحكم، مع اتجاه البشير للتقارب مع جيرانه العرب والأفارقة، وأبعد أنصار الترابي عن المناصب الحكومية مع تشكيل الحكومة، وتعيين حكام جدد للولايات في 24 يناير 2000.
من تآليفه:
1 -الصلاة عماد الدين .
2 ـ المشكلة الدستورية.
3 ـ الإيمان
4-المصطلحات السياسية في الإسلام.
5-ضرورة النقد الذاتي للحركة الإسلامية.
6-الصحوة الإسلامية والدولة القطرية في الوطن العربي.
7 -خصائص الحركة الإسلامية المعاصرة.
8 -تجديد أصول الفقه الإسلامي.
9-المرأة بين تعاليم الدين وتقاليد المجتمع .
( المرجع: مجلة المجتمع ، العدد 136 - موقع اسلام اون لاين - موقع قناة الجزيرة - مع إضافات يسيرة ) .