شغل التحقيقُ وقتَ الشيخ واستنفد طاقته الفكرية، وكان له قلم متمكن وعلم واسع، لو وجههما إلى التأليف لأخرج بحوثًا جديدة، ولكنه اتجه إلى الأصول يخرجها للناس باذلاً فيها جهده وطاقته، ومؤلفاته على قلتها تحمل فكرًا حرًّا واجتهادًا مشكورًا، ولم يكن الشيخ يلتزم بمذهب معين على مع تفقهه على المذهب الحنفي، وحصوله على الشهادة العالمية على أساس هذا المذهب
وكان أهم ما ألفه من كتب «نظام الطلاق في الإسلام» ، و «الكتاب والسنة» ، و «كلمة حق» ، و «عمدة التفسير» ، وهو اختصار قام به لتفسير ابن كثير، وأخرج منه خمسة أجزاء، و «الباعث الحثيث» ، وهو شرح لكتاب «اختصار علوم الحديث» لابن كثير، وشرح أيضًا «ألفية الحديث» للسيوطي
علاقة الشيخ بجماعة أنصار السنة المحمدية
عندما أخرج الشيخ أحمد شاكر إلى القراء كتاب الإمام الشافعي «الرسالة» ، كتبتْ مجلة «الهدي النبوي» في عددها الخامس والسادس سنة ... هـ تحت عنوان «لمحة خاطفة من فضل المحدث الفقيه الشيخ أحمد شاكر» تقول «ومما لا ريب فيه أن من العلماء الذين جمعوا بين رواية الحديث والفقه فيها حتى أصبح بحق محدثًا وفقيهًا الأستاذ الشيخ أحمد محمد شاكر» ثم تضيف المجلة قائلة «ما أحسب إلا أنه قد طوَّق به عنق كل مسلم» تقصد بتحقيقه لهذا الكتاب النفيس