وزوجه النبي صلى الله عليه وسلم فاطمة ابنته رضي الله عنها بعد وقعة بدر، فولدت له الحسن والحسين ومحسنًا، وزينب الكبرى، وأم كلثوم، وهذه قد تزوجها عمر بن الخطاب رضي الله عنه، ومن أبناء علي بن أبي طالب رضي الله عنه من غير فاطمة: العباس، وجعفر، وعبد الله، وعثمان من زوجته أم البنين، وهؤلاء الأربعة قتلوا في كربلاء مع أخيهم الحسين رضي الله عنهم أجمعين، ومنهم أيضًا عبيد الله وأبو بكر وهما من زوجته ليلى بنت مسعود، وقد قتلا أيضًا بكربلاء، ومنهم عمر من زوجته أم حبيب بنت ربيعة، وعمر هذا قد عُمِّرَ حتى بلغ خمسًا وثمانين سنة، ومنهم أيضًا محمد الأوسط من زوجته أمامة بنت أبي العاص بن الربيع بن عبد شمس، وأمها زينب بنت رسول الله صلى الله عليه وسلم وهي التي كان رسول الله صلى الله عليه وسلم يحملها وهو في الصلاة؛ إذا قام حملها وإذا سجد وضعها، وأما ابنه محمد الأكبر فهو ابن الحنفية، وهي خولة بنت جعفر بن قيس من بني حنيفة سباها خالد بن الوليد في خلافة الصديق أيام حروب الردة، فصارت لعلي رضي الله عنه فولدت له محمدًا هذا، ومن الشيعة من يدعي له الإمامة والعصمة، وقد كان من سادات المسلمين؛ ولكن ليس بمعصوم ولا أبوه معصوم، بل ولا من هو أفضل منْ أبيه من الخلفاء الراشدين قبله، ليسوا بواجبي العصمة كما هو مقرر عند أهل السنة والجماعة.
بيعة علي رضي الله عنه لكل من أبي بكر وعمر وعثمان