وأكد المجمع في بيانٍ أصدره عقب اجتماعه برئاسة شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب أن هذه التصريحات قد أثارت غضب ملايين المسلمين في مصر والعالم الإسلامي؛ إذ إنها تهدّد في المقام الأول الوحدة الوطنية، وطالب المجمع من أصدر هذه التصريحات بمراجعتها والعودة عنها، مؤكدًا على أن العقائد الدينية للمصريين خطٌ أحمر لا يجوز المساس بها
وقد أكد المجمع على حقيقة أن مصر دولة إسلامية بنص دستورها الذي يمثل العقد الاجتماعي بين أهلها، وقال «ومن هنا فإن حقوق المواطنة التي علمنا إياها رسول الله في عهده لنصارى نجران، والذي قرر فيه أن لهم ما للمسلمين، وعليهم ما على المسلمين، وأن هذه الشروط مشروطة باحترام الهوية الإسلامية وحقوق المواطنة التي نصَّ عليها الدستور»
ومن جانبه، أكد مفتي مصر الدكتور علي جمعة تأييده الكامل لبيان مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر الشريف، مؤكدًا أن هذا الموقف إنما ينبع أساسًا من حرص الأزهر على أمن مصر بمسلميها ومسيحييها، ولحماية الوحدة الوطنية، والتصدي لأي فتنة يمكن أن تهدد استقرار الوطن
وقد حذر المفتي من أي مساس بالعقيدة الدينية للمصريين جميعًا
وكان بيشوي قد تساءل في محاضرة له وُزعت ضمن الكتيب الرسمي لمؤتمر تثبيت العقيدة عما إذا كانت بعض آيات القرآن الكريم قد قيلت وقتما «قال نبي الإسلام القرآن، أم أُضيفت فيما بعد في عهد عثمان» ؟ وفق كلامه المارق
ودعا بيشوي إلى مراجعة القرآن الكريم، وقال بزعمه «الحوار والشرح والتفاهم يجعل الشخص المقابل لك يبحث داخل ذهنه ويفتش حتى يلغي آية تتهمنا بالكفر»