توفي، رحمه الله، في الأسبوع الأول من صفر في الثلاثينيات من هذا القرن، وقد دفن بمدينة جدة، بالمملكة العربية السعودية، عن عمر جاوز السبعين عامًا.
وقد كتب عنه الشيخ / محمد حامد الفقي في مجلة (الهدي النبوي) عند وفاته فقال: (لقد توثقت عرى الأخوة بيننا (بين الشيخ حامد والشيخ أبي حجر، في دار المنار على صاحبها سحائب المغفرة والرضوان، ثم أوفده أستاذنا الشيخ / رشيد، رحمه الله، إلى الحجاز - لطلب جلالة الملك ابن السعود - للتعليم والإرشاد، فمازال طوال حياته يجاهد ويدعو إلى الله بلسانه وقلبه، وكان، رحمه الله، حلو المجلس، حاضر البديهة، لطيف الفكاهة، خالص الود لإخوانه الموحدين، عوضنا الله فيه خيرًا، وآجرنا في مصيبتنا فيه.
وإذا كان الشيخ / رشيد رضا قد أنشأ (المنار) ، والشيخ محب الدين الخطيب قد أنشأ (الفتح) ، والشيخ حامد الفقي قد أنشأ أنصار السنة المحمدية، ومجلتها (الهدي النبوي) ، فإن الشيخ / أبا حجر قد أنشأ أثناء وجوده في جدة مدرسة دينية كان ينفق عليها من ماله الخاص.
وفي الختام: فإن الشيخ / أبا حجر اشتغل أشد الاشتغال بكتب شيخ الإسلام ابن تيمية وتلميذه ابن القيم، حتى اصطبغ بهما اصطباغًا كان واضحًا في كل أحواله، مما صبغ دروسه بصبغة التوحيد الخالص، فكان حربًا على أهل البدع والقبوريين.
توفي الشيخ عن أولاد هم:
1 -من زوجته الأولى بنت واحدة تسمى فاطمة، وقد ساعدني أحد أحفادها في كتابة هذه الترجمة.
2 -من زوجته الثانية أخت الشيخ الفراز؛ عبدالوهاب عبد الرحمن أبو حجر، ويعمل أمينًا عامًا للخطوط الجوية بالمملكة العربية السعودية، عبد العزيز عبد الرحمن أبو حجر، ويعمل موظفًا في الخطوط الجوية بالمملكة العربية السعودية، وبنتان هما؛ سلمى، وخديجة.
ولقد كان الشيخ / أبو حجر، رحمه الله، من خيرة العلماء، وإن لم يكن له مؤلفات معروفة، فإن له تعليقات على كتب كثيرة.