ففي ديسمبر من العام 2001 تم اعتقال مراسلي (الجزيرة) في الأردن أثناء قيامهم بتغطية مسيرة مؤيدة لـ (أسامة بن لادن) .. متزامنًا مع توقيف مراسلة أخرى في العاصمة الأردنية أيضًا.
وفي مارس العام 2002 احتجزت السلطات المصرية الطاقم التلفزيوني للقناة أثناء أدائه لعمله الصحفي في تغطية مظاهرات طلابية نُظِّمت دعمًا للانتفاضة الفلسطينية في جامعة الإسكندرية.
وفي مايو من نفس العام شن وزير الإعلام البحريني (نبيل الحمر) هجومًا شديدًا عليها بسبب ما وصفه"بالإساءة للبحرين وشعب البحرين"، وقال: إن بلاده لن تتعامل معها لا في الحاضر ولا في المستقبل. وأبلغ (الحمر) حينها صحافيين عربًا وأجانب أن (الجزيرة) طلبت المشاركة في تغطية الانتخابات البلدية التي أجريت في البحرين - في ذلك الحين - لكن المنامة لم تستجب لطلبها. وأضاف"نحن نعتقد دائمًا بأن (الجزيرة) تتعمد دائما الإساءة إلى البحرين وإلى شعب البحرين".
وفي أكتوبر من نفس العام أيضًا أوصى وزراء الإعلام في مجلس التعاون الخليجي في اجتماعهم في مسقط بضرورة مقاطعة (الجزيرة) الفضائية لما تبثه من أخبار وبرامج تسيء إلى منطقة الخليج على حد قولهم.
وفي نوفمبر أعلن مدير مكتب (الجزيرة) الفضائية القطرية في الكويت أن وزارة الإعلام الكويتية أبلغته شفهيًّا بإغلاق المكتب.
وعلى المستوى الإسرائيلي وفي يونيو من نفس العام انتقد وزير الخارجية الإسرائيلي (شيمون بيريز) بشدة محطة (الجزيرة) ، متهمًا إياها بزرع الحقد، وقال في المقابلة:"أنها تحرض على الحقد، وإن لها نفوذًا أقوى من نفوذ الشيوخ والأئمة"، وقد استدل على قوله هذا في نفس اللقاء الذي بثته الإذاعة الإسرائيلية بأن قناة (الجزيرة) تبث باستمرار - خمس أو ست مرات في اليوم نفسه - الصورة ذاتها لمنزل فلسطيني مدمّر من قِبل القوات الإسرائيلية، وبالتالي فإن ما يحصل من هجمات انتحارية يُقتل فيها رضيع يهوديّ - على حد قوله -؛ فإن هذا ناجم عن الدعاية وليس فقط عن تربيته.
كما واجهت (الجزيرة) بعد احتلال العراق انتقادات لاذعة على لسان رامسيلفد يتهما بأن لها دورًا في تأجيج وتعميق الكُرْه ضد قوات بلاده.
كل هذه الجهات المختلفة والمتناقضة تمامًا التي تكيل الاتهام إلى هذه القناة، ليس له تفسير إلا أنه ينبئ عن ضعفٍ في شخصيتنا العربية، مع توجسٍ، وترقُّبٍ حذر لكل ما يحيط بنا، مهما كانت درجة استقاء الفائدة منه..
ومن جانب الطاقم والكادر الإعلامي لقناة (الجزيرة) فإنه قد تعرض لعدد من الضربات الموجعة التي تُحتِّمها المهنة، ففي مايو من العام الجاري 2004 قُتِل في كربلاء بالعراق (رشيد حميد والي) أحد مراسلي القناة أثناء تغطيته لقتالٍ دائر بين القوات الأمريكية ومقاتلين عراقيين، حينما أطلقت عليه دبابة عراقية قذيفة أَوْدَت بحياته على الفور، كما قُتل قبله في العام الماضي 2003 بعد دخول قوات الاحتلال ثلاثة من طاقم العمل الصحافي في الجزيرة.
وأيضًا لم يسلم بعضهم من توجيه الاتهامات إليه بالعمالة الصهيونية المطلقة، ومن ذلك ما حدث عند اعتقال (ابن الشيبة) في باكستان أحد قياديي تنظيم القاعدة والمطلوبين لدى الإدارة الأمريكية بعد إذاعة (يسري فوده) برنامجه (سري للغاية) والذي اعتبره البعض دليلًا موجهًا بشكل مباشر أو غير مباشر للكشف عن هوية الشخص المطلوب، وربما أن في وضعٍ كهذا لا يمكن أن يُلقى اللوم بأكمله على قناة (الجزيرة) إن لم يتم النظر إليها بمهنية مجردة كأي وسيلة إعلامية تبحث عن الخبر أينما كان، إذ يتحمل عبء المسؤولية أيضًا الطرف الآخر في عدم التحرز من إجراء مثل هذه المقابلات.
كما اعتُقل مراسلها (تيسير علّوني) في إسبانيا بعد توجيه تهمة تواطؤه مع القاعدة، وذلك عقب إجراء لقاءٍ تلفزيونيٍّ مع (أسامة بن لادن) .
لقد تفردت قناة (الجزيرة) بعدة مزايا على الصعيد المهني، وعلى الصعيد الموضوعي، بشهادة خبرات إعلامية عالمية بطريقة مباشرة أو غير مباشرة، ومن ذلك ما ذكرته وكالة (رويترز) في تقرير لها:"إن قناة (الجزيرة) التليفزيونية الفضائية صنعت لنفسها اسمًا على المستوى العربي ببث ما لم تكن تجرؤ معظم الشبكات العربية على تقديمه".
وفي أكتوبر من العام 2001 وعندما بدأت المعركة بين أمريكا وقوات طالبان الأفغانية حققت (الجزيرة) نصرًا على أكبر القنوات التليفزيونية العالمية ببثها اللقطات الحية الوحيدة للضربات التي تقودها الولايات المتحدة ضد أفغانستان والأحاديث المصورة لـ (أسامة بن لادن) وأقرب مساعديه وهم يهددون بالمزيد من الدمار، حتى وصل ثمن بيع الدقيقة الواحدة من أحاديث ابن لادن للشبكات التلفزيونية بمبلغ عشرين ألف دولار.