بوشر بهذه الحفريات سنة 1970 وتوقفت سنة 1974 ثم استئنفت ثانية سنة 1975 حتى أواخر عام 1988 وقد امتدت من مكان يقع أسفل عمارة المحكمة الشرعية القديمة (تعتبر من أقدم الأبنية التاريخية الإسلامية في القدس) مارة شمالًا بأسفل خمسة أبواب من أبواب الحرم القدسي، وهي باب السلسلة وباب المطهرة وباب القطانين وباب الحديد وباب علاء الدين البصيري (المجلس الإسلامي) وعلى امتداد (180) مترًا وفوقها مجموعة من الأبنية الدينية والحضارية والسكنية والتجارية تضم أربعة مساجد ومئذنة قايتباي الأثرية وسوق القطانين، وعدد من المساكن والمدارس الأثرية. وقد وصلت أعماق هذه الحفريات إلى أبعاد تتراوح بين 10 إلى 14 مترًان وطول حوالي (400) متر، ونتج عن هذه الحفريات تصدع عدد من الأبنية منها الجامع العثماني، ورباط الكرد والمدرسة الجوهرية، والمدرسة المنجكية (مقر المجلس الإسلامي) والزاوية الوفائية كما جرى تحويل الجزء السفلي من المحكمة الشرعية إلى كنيس يهودي، وفي شهر آذار من عام 1987 أعلن الإسرائيليون أنهم اكتشفوا القناة التي كان قد اكتشفها قبلهم الجنرال الألماني (كونراد تشيك) في القرن التاسع عشر بطول 500 م. ولم يكتف الإسرائيليون بإيصال النفق بالقناة بل قاموا بتاريخ 7/7/1988 وتحت حماية الجيش الإسرائيلي بحفريات جديدة عند ملتقى طريق باب الغوانمة مع طريق المجاهدين (طريق الآلام) بهدف حفر فتحة رأسية ليدخلوا منها إلى القناة الرومانية وإلى النفق ولكن تصدى لهم المواطنون في القدس الشريف ومنعوهم من الاستمرار فاضطرت السلطات الإسرائيلية إلى إقفال الفتحة وإعادة الوضع السابق .
· المرحلتين الرابعة والخامسة:
بدئ بهما سنة 1973 واستمرتا حتى العام 1974 في موقع خلف الحائط الجنوبي الممتد من أسفل الجانب الجنوبي الشرقي للمسجد الأقصى وسور الحرم القدسي الشريف ويمتد الحفر على مسافة تقارب الثمانين مترًا إلى الشرق وقد اخترقت هذه الحفريات خلال شهر تموز يوليو 1974 الحائط الجنوبي للحرم القدسي الشريف ودخلت منه إلى المسجد الأقصى بعمق 20 متر، وأسفل جامع عمر وتحت الأبواب الثلاثة للأروقة السفلية للمسجد الأقصى والأزقة الجنوبية الشرقية للمسجد الأقصى، ووصلت أعماق هذه الحفريات إلى أكثر من (13) مترًا وأصبحت تعرض السور والمسجد الأقصى لخطر الانهيار بسبب قدم البناء وتفريغ التراب الملاصق للحائط من الخارج إلى أعماق كبيرة، بالإضافة إلى العوامل المناخية .
· المرحلة السادسة
بدئ بها في عام 1977 وتركزت في مكان قريب من منتصف الحائط الشرقي لسور المدينة وسور الحرم الشريف الذي يقع بين باب السيدة مريم والزاوية الشمالية الشرقية من سور المدينة وتهدد أعمال الحفر في هذه المرحلة بإزالة وطمس القبور الإسلامية التي تضمها أقدم مقبرة إسلامية في المدينة وقد نتج عن هذه الحفريات مصادرة الأرض الملاصقة لإحدى هذه المقابر وإنشاء جانب من منتزه إسرائيل الوطني فيها .
· المرحلة السابعة:
وهي مشروع تعميق ساحة البراق الشريف وهي ملاصقة للحائط الغربي للمسجد المبارك وللحرم القدسي الشريف ويفضي هذا المشروع بضم أقسام أخرى من الأراضي الغربية المجاورة للساحة وهدم ما عليها وحفرها بعمق تسعة أمتار ويعرض المشروع الجديد الأبنية الملاصقة والمجاورة لخطر التصدع والانهيار ثم الهدم وتضم هذه الأبنية عمارة المحكمة الشرعية القديمة المعروفة بالمدرسة التنكرية. وعمارة المكتبة الخالدية. وزاوية ومسجد أبو مدين الغوث وكلاهما من الأوقاف الإسلامية بالإضافة إلى 35 عقارًا يسكنها ما لا يقل عن 250 مواطنًا عربيًا .
· المرحلة الثامنة:
تقع حفريات هذه المرحلة خلف جدران المسجد الأقصى المبارك وجنوبيها وتعتبر استئنافًا للمرحلتين الرابعة والخامسة، وقد بدئ بها سنة 1967 وتحت شعار كشف مدافن ملوك إسرائيل في (مدينة داود ويخشى ان تصدع الجدران الجنوبية للمسجد الأقصى المبارك، وقد نشب حولها خلاف بين جماعة ناطوري كارتا التي تطالب بوقف الحفر وفريق الحفر التابع لوزارة الأديان .
· المرحلة التاسعة:
بتاريخ 21/8/1981 (ذكرى إحراق المسجد الأقصى) أعادت سلطات الاحتلال الإسرائيلية فتح النفق الذي اكتشفه الكولونيل الإنجليزي وارين عام 1867م، ويقع ما بين بابي الحرم المسماة باب السلسلة وباب القطانين، أسفل جانب من الحرم اسمه (المطهرة) وتوغلت أسفل ساحة الحرم من الداخل على امتداد (25) مترًا شرقًا وبعرض (6) أمتار، ووصلت إلى أسفل سبيل قايتباي. وقد أدت هذه الحفريات مبدئيًا إلى تصدع في الأروقة الغربية الواقعة ما بين بابي السلسلة والقطانين للحرم القدسي الشريف. وقد تدخل
تدخلت دائرة الأوقاف الإسلامية في القدس وأقفلت باب النفق بالخرسانة المسلحة بتاريخ 29/8/1981. وقد تم افتتاح النفق مرة أخرى عشية عيد الغفران اليهودي يوم 24/9/1996م.
محطات في تاريخ الحرم القدسي الشريف