وللمسجد في الداخل 53 عمودًا من الرخام، 14 منها في الرواق الأوسط و12 في الأروقة الثلاثة الشرقية و 8 تحت القبة و 11 في جناح القبة من الشرق و 7 في جناحها في الغرب وواحد في مقام الأربعين .
وللمسجد أيضًا 49 سارية من الحجارة 4 منها تحت القبة و12 في الرواق الغربي و 4 في الرواق الشرقي و3 في جناح القبة من الغرب والباقيات متفرقات. والسواري ضخمة ومربعة الشكل. وأما الأعمدة فإنها مصنوعة من الرخام المختلف الألوان. وفوق الأعمدة أقواس حجرية تتراوح فتحاتها بين 8,91 و 9,17 مترًا، ثلاثة من الشرق، وأخرى مثلها من الغرب وواحد بينهما في الوسط، والرواق الأوسط واسع مرتفع (51) وفي صدر المسجد القبة التي ترتفع 17 مترًا عن الأرض وقد غطتها الفسيفساء الجميلة والتي تضم مظهرًا جميلًا من مظاهر الفن (52) ، وللقبة قشرتين الداخلية التي تم ذكرها سابقًا أمام الخارجية للقبة فإنها عبارة عن ألواح خشبية مصفحة من الخارج بالرصاص. والمسافة بين قشرتين القبة الداخلية والخارجية تتراوح بين 75 سم عند الرقبة، ومتران ونصف المتر في الوسط وثلاثة أمتار في القمة عند الهلال .
وهناك رقبة القبة، وهي القسم الأسطواني القائم بين القبة نفسها والأقواس التي ترتكز عليها.. وفوق الرقبة تقوم القبة، وهي قائمة على أربعة أقواس. يرتكز كل ركن من أركانها الأربع على عمودين من رخام، وأسطوانة مربعة مكسوة أيضًا بالرخام. وتحت القبة وفي أقصى المسجد من القبلة، محراب كبير، كان يسمى فيما مضى محراب داود ويطلق عليه الآن محراب عمر. وفي صدر المسجد من الغرب وفي داخل المقصورة المصنوعة من الحديد المشتبك محراب آخر - يسمى - محراب معاوية، وفي داخل المسجد، عند زاويته القبلية الشرقية جامع متصل به، يسمونه جامع عمر وهو مستطيل الشكل، ويقال - أنه من بقية البناء الذي أقامه الخليفة عمر بن الخطاب - وهو جامع معقود بالحجارة والكلس طوله 30 مترًا وعرضه 8 أمتار وفيه محراب صغير وحول المحراب أربعة أعمدة صغيرة اثنان منها ملتويان. وإلى الشمال من جامع عمر إيوان كبير يسمونه مقام عزيز ويسمونه أيضًا مقام الأربعين فيه محراب .. وإلى الشمال من مقام عزيز إيوان صغير وجميل فيه محراب زكريا، طوله 6 أمتار وعرضه خمسة.. وفي الجانب الغربي إلى القبلة جامع آخر يسمونه جامع النساء .. وهو عبارة عن عشر قناطر على تسع صوار في غاية الإحكام (53) .
وأمام المسجد من الناحية الشمالية رواق كبير .. وهو مؤلف من سبع قناطر مقصورة، كل قنطرة منها تنتهي عند باب من أبواب المسجد السبعة، وفي المسجد الأقصى 137 نافذة، 7 منها في القبة، وهي كبيرة صنعت من الزجاج الملون ينفذ منها نور ضئيل. و42 في الرواق الأوسط نصفها تطل على الرواق الشرقي والنصف الآخر على الرواق الغربي، والنور ينفذ منها كلها. ذلك لأن الرواق الأوسط أعلى من الرواقين المذكورين. و 43 في حائط المسجد الشرقي، و24 منها بالزجاج الملون و10 من غير زجاج ينفذ منها النور. و14 في حائطه الغربي، اثنان كبيرتان ينفذ منها النور و 12 بالزجاج الملون. و 16 في الحائط الشمالي كلها بالزجاج الملون. و24 في الحائط القبلي، و 22 بالزجاج الملون (54) .
ويوجد تحت المسجد الأقصى بناء يسمى (الأقصى القديمة) وهو عبارة عن دهليز واسع طويل، يتألف من سلسلة عقود ترتكز على أعمدة ضخمة بعضها أسطواني، والبعض الآخر مربع الشكل وهناك إلى جانب هذا الدهليز، دهليز آخر - يسمى - إسطبل سليمان، وهو واقع تحت الجزء المرصوف من أرض الحرم شرقي المسجد الأقصى، وجزء آخر منه يقع تحت المسجد نفسه (55) .
صيانة المسجد الأقصى عبر التاريخ:
في منتصف القرن الثاني للهجرة زار الخليفة العباسي أبو جعفر المنصور المدينة المقدسة وأمر بإعادة بناء المسجد الأقصى المبارك، وفي عهد ولده الخليفة المهدي تم إصلاح ما تصدع من جدران المسجد سنة 163 هـ ثم قام الخليفة الفاطمي الظاهر لإعزاز دين الله ببناء أقسام عديدة من المسجد سنة 426هـ/ 1034 (56) . وضيقه من الغرب والشرق بحذف أربعة أروقة من كل جانب والأبواب السبعة التي في شمال المسجد اليوم هي من صنع الظاهر، كما أن جزءًا كبيرًا من بناء الأقصى الحالي، قبل التعميرات التي جرت في العصر الحالي، يرجع إلى الظاهر. وعندما احتل الصليبيون القدس غيروا معالم المسجد فاتخذوا جانبًا منه كنيسًا وجانبًا آخر مسكنًا لفرسانهم الإسبتارية وأضافوا إليه من الناحية الغربية بناء جعلوه مستودعًا لذخائرهم (57) .